公共卫生 开源项目 入门
MicrobeTrace
CDC 开源的浏览器端分子流行病学和传播网络可视化工具。
- 医学子领域
- 公共卫生
- 资源类型
- 开源项目
- 开源协议
- Apache License 2.0
- 部署方式
- 浏览器运行；未确认官方 Docker Compose
部署引导
快速部署
Docker 命令
涉及患者数据的项目请仅用公开或脱敏数据集，部署说明可能随项目更新变化
git clone https://github.com/CDCgov/MicrobeTrace.git
cd MicrobeTrace
docker compose up -d简介
MicrobeTrace 是 CDC 开发的开源 Web 工具，用于整合病原基因组、流行病学、地理和接触数据，并生成网络、地图和时间相关可视化。它适合传染病暴发调查、分子流行病学教学和公共卫生响应中的数据探索。
部署步骤
- 直接访问官方 Web 应用：
https://microbetrace.cdc.gov/MicrobeTrace/- 按页面提示接受使用条款。
- 准备节点表、边表、序列距离表、地理信息或树文件等数据。
- 在浏览器中导入数据并选择网络、地图、时间线等视图。
- 如需离线或本地化使用，先查看仓库 Wiki 和用户手册，再按当前版本说明部署；本条未确认官方 Docker Compose，因此不写 Docker 命令。
- 处理可识别个人或病例信息时，应在本地、安全网络或经审批环境中使用。
适用场景
- COVID-19、HIV、结核等传染病传播网络探索。
- 病原基因组距离与流行病学接触信息联合可视化。
- 公共卫生部门暴发调查培训。
- 需要在浏览器中快速生成网络图、地图和时间线的分析任务。