生物信息学 开源项目 中级
Galaxy
面向数据密集型生物医学分析的开源 Web 工作流平台。
- 医学子领域
- 生物信息学
- 资源类型
- 开源项目
- 开源协议
- Academic Free License v3.0
- 部署方式
- 源码本地运行；Docker 镜像适合教学、测试和演示
部署引导
快速部署
Docker 命令
涉及患者数据的项目请仅用公开或脱敏数据集，部署说明可能随项目更新变化
git clone https://github.com/galaxyproject/galaxy.git
cd galaxy
docker compose up -d简介
Galaxy 提供基于浏览器的生物信息分析环境，用户可以通过图形界面组织工具、数据集和工作流，降低命令行门槛。它常用于测序数据分析、教学、共享工作流和多用户分析平台。
部署步骤
- 安装 Git、Python 和常规编译依赖。
- 克隆官方仓库：
git clone https://github.com/galaxyproject/galaxy.git
cd galaxy- 运行 Galaxy 启动脚本。该脚本会创建虚拟环境、安装依赖并启动本地服务：
sh run.sh- 浏览器打开终端输出中的本地地址，通常是
http://localhost:8080。 - 如果只是教学或演示，可使用 Galaxy Hub 提供的 Docker 镜像路线；具体镜像和标签应按 Galaxy 官方 Docker 页面选择，不在这里硬编码不确定标签。
- 生产或多人使用时，需要配置对象存储、作业运行器、认证、数据库和反向代理。
适用场景
- 生物信息课程和测序分析培训。
- 将 FASTQ 质控、比对、变异检测、表达分析等流程封装成可视化工作流。
- 需要多人共享工具、数据集和分析历史的实验室平台。
- 不希望每位用户都直接维护命令行环境的教学或公共平台。